Коноха
Был очень замечательный день, все вокруг процветало, но вдруг возле главных ворот было замечено 6 фигур в черных плащах с красными облаками. Этими фигурами были шесть тел Пейна. Главное тело Пейна, известное как Мир Девов воспарило в воздухе и произнесло название техники. Через несколько секунд одного из самых легендарных в мире селение не стало. Тела Пейна начали уничтожать жителей деревни, как вдруг появился Наруто в компании отряда жабьего босса. Наруто вступил в схватку с телами и вскоре он уничтожил их. С помощью силы сендзютсу, Наруто узнал, где находится человек, который управлял всеми этими телами-это был Нагато. Наруто зашел в укрытие Нагато и Конан и начал разговор с правителем Аме. Когда Нагато выбился из сил и потерял сознание, Конан схватила его, бросила под ноги Наруто дымовую шашку и исчезла. Наруто в отчаяние возвращается в Коноху и помогает восстанавливать ее.

Организация "Акацуки"
Мадара понимает, что организация Акацуки теряет мощь. Он решает воскресить умерших членов организации и применяет для этого запретную технику воскрешения. При этом Мадара подчинил к себе Бога Смерти - Шанигами. Через несколько дней они воскрешают: Какузу, Дейдару, Сасори, Хидана он вытаскивает из ямы. Так же для полной мощи они воскрешают Орочимаро и Кабуто. План Мадары таков: полное и максимальное уничтожение Конохи. Учиха возводит новое логово Акацуки в Кири, где он уже давно является ее правителем, а именно Мицукаге. Мицукаге подписывает союз с деревней дождя. Теперь они вместе собираются напасть на Коноху целой армией. Когда Коноха отправляется за Пейном и Мадарой, Мадара посылат всех Акацуки и армию Кири на Коноху.

Команда "Ястреб"
Саске узнает, что Нагато уничтожил Коноху, но не покорил ее. Именно сейчас Саске решает напасть на Коноху, но его останавливает Мадара и говорит, что у него есть план получше. КОгда Саске возвращается в Акацуки после осмотра Конохи, он и Мадара обсудили тот самый план, план по захвату деревни облака. Саске отправляется в селение вместе со своей командой и через несколько дней они захватили ее. В бою Учиха убил правителя этой деревни. По просьбам жителей деревни, Саске становится Райкаге. Когда Мадара пришел в кабинет Саске, младший Учиха отвергает его предложение об объединение деревнями и с помощью силы Тенгу, подаренной Мадарой, Саске использует технику перемещения и Кумо исчезает в облаках. Местонахождение этой деревни знает только жители этой деревни.

Суна
Гаара в последнюю очередь узнает о нападении Пейна на Коноху и решает помочь своим союзникам в постройки деревни. Он отправляется в Коноху вместе с Темари, Баки, Канкуро и Матсури. Чтобы защитить свою деревню от нападения преступников, Гаара использует последние силы Шикаку, и Суна исчезает в центре пустыни.

Итачи
Все думали, что Итачи погиб в битве со своим братом Саске, но это не так. Его воскресил Мадара и дал ему силу своего Вечного Мангьеку Шарингана. Мадара хочет развить свой шаринган и посылает Итачи убить Саске. Итачи соглашается, однако не собиратся убивать брата. Он отправился в путь и набрел на деревню звука. С силой Мадары, Итачи начал воскрешать мертвую пятерку звука. После воскрешения пятерки, в деревню приходят посланники Мадары: Забуза и Хаку. Со своей новой командой Итачи начал поиски своего младшего брата. Так как правителя в деревни нет, Итачи становится Отокаге.

Пророчество
Старец из Аме прибывает в Коноху и идет на встречу с Хокаге. Он рассказывает Цунаде свое пророчество: "Тот кто посягнул на Бога должен умереть. Его ждет смерть от руки Бога". Пророчество Старца сбывались всегда и именно этим он был известен. Старец умерает и Цунаде догадывается, что речь идет о Наруто.